每个学校的培养方式都有一定的差异，但是几乎做到了以下几点：
（1）单独制定培养方案
高校对通过强基计划录取的学生可单独编班，配备一流的师资，提供一流的学习条件，创造一流的学术环境与氛围，聘用高层次人才担任“生活导师”“学业导师”“科研导师”“任课教师”全程实行导师制、小班化培养，充分发挥高水平师资力量在学生综合素质培养中的引领作用。
（2）畅通的成长通道
对学业优秀的学生，高校可在免试推荐研究生、直博、公派留学、奖学金等方面予以优先安排。探索建立本-硕-博衔接的培养模式。设置专项学术活动资助基金，鼓励支持学生积极参加国内外学术活动、到国（境）外进行访学、科研训练、学业竞赛、学术会议等，充分提高学生国际竞争力，拓展国际学术视野。
（3）推进科教协同育人
强化中心学科地位，打破学科壁垒，融入多学科交叉前沿新兴内容。鼓励国家实验室、国家重点实验室、前沿科学中心、集成攻关大平台和协同创新中心等吸纳这些学生参与项目研究。
（4）强化质量保障机制
对进入计划的学生进行综合考查、科学分流。建立跟踪调查机制和人才成长数据库，加强对学生的就业教育和指导。
